Falus Ferenc mentősként kezdte pályafutását, amire nagyon büszke volt. Később tüdőgyógyászként dolgozott az Országos Korányi TBC és Pulmonológiai Intézetben, majd a Semmelweis Orvostudományi Egyetem Pulmonológiai Klinikájának osztályvezető egyetemi adjunktusa lett.

Ő volt az 1995-ben alakult Magyarországi Otthonápolási és Hospice Egyesület első elnöke, majd 2001 decemberétől 2007-ig a Nyírő Gyula Kórház főigazgatójaként dolgozott, ahol létrehozta az ország első játékszenvedély-betegeket gyógyító osztályát.

2007-ben vette át az Állami Népegészségügyi és Tisztiorvosi Szolgálat (ÁNTSZ) vezetését, három évig dolgozott ebben a pozícióban, majd felmentették tisztségéből.

Falus Ferenc 2014-ig az MSZP tagja volt, majd az őszi önkormányzati választáson Tarlós István kihívójaként, az MSZP, a DK és az Együtt–PM jelöltjeként elindult volna a főpolgármesteri posztért, de a jelölés után nem sokkal, szeptember 29-én sajtótájékoztatón jelentette be, hogy visszalép a jelöltségtől, és hivatalosan is átadta helyét Bokros Lajosnak.