Közösségi oldalán írta:

„Magyarország köztársasági elnöke a mai napon lemondott. A rendszerváltoztatás óta az elnök egyéni kegyelmi döntésének érvényességéhez az igazságügyi miniszter ellenjegyzése szükséges. Én folytattam azt a több, mint 25 éves gyakorlatot, miszerint az igazságügyi miniszter tudomásul veszi az elnök kegyelmi döntését. Az elnök döntésének ellenjegyzéséért a politikai felelősséget vállalom. Visszavonulok a közélettől, lemondok országgyűlési képviselői mandátumomról és az EP-lista vezetéséről is.”

A lemondás előzménye, hogy kiderült, Novák Katalin elnöki kegyelmet adott K. Endrének, a bicskei gyermekotthon korábbi igazgatóhelyettesének. A férfit azért ítélték el, mert arra kényszerítette az otthon több kiskorú lakóját, hogy vonják vissza a később pedofíliával elítélt igazgató ellen tett vallomásukat.

Bár a kegyelmi döntést Novák Katalin hozta államfőként, azt az akkori igazságügy-miniszternek, Varga Juditnak is ellenjegyeznie kellett, ezért döntött úgy, hogy ő is lemond.

Amint Novák Katalin bejelentése, úgy Varga Judit nyilatkozata sem tisztázza a kegyelmi botrány körülményeit. Varga csak arra utalt, hogy a köztársasági elnök döntését ellenjegyezte, de feltűnően kimaradt belőle, hogy ő terjesztette volna fel a javaslatot. Így a politikai változásokat kiváltó ügy részletei továbbra is homályban maradtak.

A kormány honlapján az elnöki kegyelemről a következő olvasható: a kegyelem megadásának általános menete a következő: a terhelt, védője, törvényes képviselője vagy hozzátartozója kegyelmi kérelmet nyújt be az első fokon eljárt bírósághoz, amely azt felterjeszti az igazságügyi miniszterhez – emlékeztet a portfolio.hu

A miniszter a kegyelmi kérelmet minden esetben felterjeszti a köztársasági elnökhöz, aki dönt a kegyelem ügyében, de ennek érvényességéhez a miniszter ellenjegyzésére is szükség van.

Egyúttal lemondott tisztségeiről Varga volt férje is, Magyar Péter, a Magyar Közút és a Volánbusz igazgatóságának tagja. Indoklása szerint nem akar olyan rendszer részese lenni, amelyben „az igazi felelősök nők szoknyája mögé bújnak”.